En 1603 la emperatriz doña María de Austria, hija de Carlos V, legó una importante parte de sus bienes al Colegio de San Pedro y San Pablo de la Compañía de Jesús situado en la madrileña calle de Toledo que, a partir de este momento y en honor a su benefactora, pasó a denominarse Colegio Imperial. La desaparición del antiguo Estudio de la Villa y de la Academia de Matemáticas, fundada por Felipe II, deja en manos de los jesuitas la preparación moral e intelectual de la juventud cortesana. Cuentan para ello con el con el decidido apoyo de Felipe IV quien, en 1625, lo convierte en Estudios Reales del Colegio Imperial. Nombres significativos en la Historia de la Ciencia y del pensamiento impartieron sus enseñanzas en el Colegio y por sus aulas pasaron personajes de la talla de Lope de Vega, Quevedo o Calderón.
La colección bibliográfica que se fue reuniendo en el Colegio hizo de su biblioteca la más importante del Madrid de los Austrias. Biblioteca multidisciplinar, comprendía todas las materias científicas Con toda probabilidad estaría ordenada siguiendo las normas establecidas para las bibliotecas de la red de colegios jesuitas de toda Europa. Libros para la enseñanza y el estudio, obras de autores de la Compañía, importantes donaciones y legados fueron enriqueciendo paulatinamente su fondo bibliográfico. La biblioteca del Colegio Imperial era la expresión del desarrollo de la ciencia alcanzado en la Compañía durante el siglo XVII.
La Compañía de Jesús fue suprimida en 1767 y, en 1770, Carlos III refunda los Reales Estudios de San Isidro utilizando los locales del Colegio Imperial. La biblioteca de los Reales Estudios de San Isidro se abrió como biblioteca pública por expreso deseo del monarca. En 1845 la institución, y por tanto su biblioteca, se incorpora a la Universidad Literaria de Madrid, posteriormente Universidad Central, como Biblioteca de la Facultad de Filosofía y Letras.
Claude Clement
Musei sive bibliothecae... extructio, instructio, cura, usus libri IV...; auctor P. Claudius Clemens..., regius
professor eruditionis in Collegio Imperiali
Lugduni : sumptibus Iacobi Prost, 1635
Nota de procedencia del Colegio Imperial
BH FLL 22523
Robertus Pazmanus
Ad virum nobilem de cultu Confucii philosophi et progenitorum apud Sinas
Leodii et Venetiis : [s.n.], 1700
José Zaragoza (S.I)
Esphera en comun celeste y terraquea
Madrid : por Iuan Martin del Barrio, 1675
Nota de procedencia y sello del Colegio Imperial
Catálogo de la Biblioteca de los Reales Estudios de Madrid. Medicina
Manuscrito
1770
BH MSS 559
Jaime Segarra
Iacobi Segarrae... Commentarii physiologici... : quipus praefixus est eisudem auctoris libellus de artis medicae
prolegomenis...
Valentiae : ex typographia Petri Patricii Mey, 1596
Nota de procedencia y sello del Colegio Imperial
BH MED 1158
Constituciones de la biblioteca de los Estudios Reales de Madrid aprobadas por S.M.
Madrid : Imprenta Real, 1803
BH FOA 990
Athanasius Kircher
China monumentis : qua sacris quà profanis nec non variis naturae [et] artis spectaculis aliarumque rerum
memorabilium argumentis illustrata
Amstelodami : apud Jacobum à Meurs, 1667
Nota de procedencia del Colegio Imperial
BH FLL 11532