La Universidad Complutense recibió esta denominación por ser la sucesora de la fundada en Alcalá de Henares, la antigua "Complutum", a fines del siglo XV y principios del XVI, que a su vez tenía el precedente de unos Estudios establecidos allí en el siglo XIII, cuya cédula fundacional, dada por el Rey Sancho IV de Castilla en 1293, se nos ha conservado. La Universidad cisneriana recibió la bula pontificia del Papa Alejandro VI en 1499, y las enseñanzas comenzaron en 1508. El centro de la Universidad era el Colegio Mayor de San Ildefonso cuyas primeras Constituciones, expuestas en reproducción facsímil, datan de 1510. Sus enseñanzas se complementaban con las de varios Colegios más, unos pertenecientes a órdenes religiosas, otros seglares, que en tiempos de Cisneros eran cinco, pero que llegarían a los treinta y cuatro a principios del siglo XVII. Entre ellos se encuentra el Colegio de San Phelipe y Santiago de quien se expone su solicitud, de 1750, de convertirse en Colegio Mayor: Por el Real Colegio... de S. Phelipe y Santiago de la Universidad de Alcalá. Con el Mayor de San Ildefonso de la misma Universidad, sobre que al referido Real Colegio... se le conceda con el título de Mayor... Tras un siglo de esplendor, en el que la Universidad Complutense se consideró renovadora en los aspectos pedagógico e ideológico, en el siglo XVII entra en decadencia, y en el XVIII sus enseñanzas resultaban anticuadas y anacrónicas, peligrando gravemente su propia existencia. En 1836, tras un primer intento en 1821, se trasladó a Madrid, creándose la Universidad Literaria de Madrid que, a las enseñanzas de Alcalá convertidas en Facultad de Jurisprudencia y Teología, incorporará en años sucesivos las enseñanzas procedentes de una serie de instituciones docentes que fueron naciendo y asentándose en Madrid, durante los siglos XVII y XVIII, para hacer frente a las necesidades educativas de una ciudad, capital del Reino, que no poseía Universidad.

En 1603 se creó el Colegio Imperial de Madrid gracias al legado de la emperatriz doña María, hija de Carlos V y mujer de Maximiliano de Austria. Se concentraban en ellos enseñanzas de otras instituciones anteriores, como el viejo Estudio de la Villa y la Academia de Matemáticas fundada por Felipe II. Sus estudios fueron renovados en tiempos de Felipe IV, estando a cargo de ellos la Compañía de Jesús. En 1725, Felipe V funda dentro del Colegio Imperial el Real Seminario de Nobles del que podemos contemplar una de las publicaciones fúnebres tan características de la época, Lágrimas funerales que el Seminario Real de Nobles de esta Corte tributa a la ... memoria del Señor D. Phelippe Quinto... con la oración funebre que... dixo... Juan de Buedo y Girón... (Madrid, Manuel Fernández, 1747). Tras la supresión de la orden, Carlos III estableció los Reales Estudios de San Isidro que funcionaron como tales hasta su incorporación a la Universidad Literaria de Madrid en calidad de Facultad de Filosofía.

En 1780 Carlos III mandó establecer en Madrid, a imitación de los existentes en Cádiz y Barcelona para cirujanos del ejército, un Colegio de Cirugía anejo al nuevo Hospital General. En la cédula de 1787 se nombra al Colegio con el título de San Carlos. Las enseñanzas se iniciaron el 1 de octubre de 1787, pronunciando su director, don Antonio Gimbernat, su Disertación inaugural sobre el recto uso de la sutura y su abuso (Madrid, Viuda de Ibarra, 1801). En 1799 se incorpora al Colegio el Estudio de Medicina Práctica, con lo que quedan unificadas las enseñanzas de Medicina y Cirugía. Con el nuevo Plan de estudios médicos de 1843 y, sobre todo, con el Plan de Instrucción Pública de Pedro José Pidal, quedarán incorporados, estudios y profesorado, a la Universidad Literaria de Madrid, convirtiéndose en la Facultad de Medicina.