Mientras que el control inquisitorial sobre los protestantes, los judíos y los conversos, e incluso los renegados y los moriscos, ha sido investigado a fondo por muchos estudiosos, ningún estudio de este tipo ha examinado a los representantes de la otra mitad de la cristiandad, es decir, a los creyentes de origen oriental: Ortodoxos de lengua griega, árabe o eslava, armenios, etíopes y coptos, "jacobitas" y "nestorianos", maronitas y otros. La conferencia pretende explorar esta laguna reuniendo a orientalistas e historiadores de diversa procedencia, con el fin de examinar las diferentes formas en que la justicia eclesiástica católica trató a los cristianos orientales a principios de la Edad Moderna.
Se prestará especial atención a los debates teológicos y canónicos sobre la ortodoxia de la tradición cristiana oriental; a la vigilancia confesional de las comunidades orientales que residían en territorios bajo gobierno católico; a las respuestas de los teólogos romanos a las cuestiones planteadas por los misioneros que trabajaban entre "herejes y cismáticos"; y a la importancia de los documentos en lenguas orientales conservados en los archivos inquisitoriales para la historia de estas comunidades.
Nuestra hipótesis de trabajo es que la comparación y la confrontación con el cristianismo oriental revelaron algunas de las contradicciones y problemas no resueltos del catolicismo tridentino, al tiempo que proporcionaron a la Inquisición una serie de herramientas culturales y lentes interpretativas que luego se aplicaron también en otros contextos, especialmente en el marco de las controversias misioneras y teológicas que sacudieron el mundo católico después de 1650.