En un trabajo publicado en la revista Journal of Computer-aided molecular design, dos grupos de investigación presentan un  servidor, AtlasCBS, que será de utilidad para todos aquellos investigadores dedicados a la obtención de nuevos fármacos, pues se trata de un atlas de moléculas disponible en internet. La idea no es nueva, en 2010, Celerino Abad Zapatero ya publicó un artículo en la revista Drug Discovery Today sobre este tema.

El diseñador de este nuevo atlas es Álvaro Cortés que ha actuado de puente entre los grupos de Federico Gago (Departamento de Farmacología de la Universidad de Alcalá) y Antonio Morreale (Unidad de Bioinformática del Centro de Biología Molecular Severo Ochoa). Según Abad Zapatero, este doctorando "ha programado en el AtlasCBS mis sueños y mi visión sobre un mapa para representar el espacio químico-biológico".

El mayor problema en el diseño de este tipo de altas es identificar qué coordenadas son las más adecuadas para explorar este espacio químico-biológico. El objetivo de esta herramienta es que sea utilizada como guía a todos aquellos investigadores involucrados en "el descubrimiento y desarrollo de fármacos de forma rápida y eficaz", comenta Abad.

AtlasCBS está conectado interactivamente con el Banco de Datos de Proteínas, (el mayor depósito de estructuras tridimensionales de proteínas, con más de 80.000 entradas) y cuenta con un servidor imagen en el campus del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), en Cambridge (Reino Unido).  En la actualidad, las bases de datos disponibles incluyen BindingDB, v2011 PDBBind, ChEMBL 13 y las bases de datos privados que han depositado los usuarios registrados.

Para la realización del proyecto se contó con una beca del Ministerio de Ciencia y Tecnología. El próximo año, la Fundación Giner de los Ríos ha financiado un curso para enseñar el uso del Atlas, mejorarlo y continuar con su desarrollo.

Referencias bibliográficas:

• Cele Abad-Zapatero et al., Ligand Efficiency Indices for an effective mapping of Chemico-Biological Space: the concept of an atlas-like representation. Drug Discovery Today, 2010, 15, 804-811. doi:10.1016/j.drudis.2010.08.004
• Álvaro Cortés-Cabrera, Antonio Morreale, Federico Gago and Celerino Abad-Zapatero, AtlasCBS: a web server to map and explore chemico-biological space, Journal of Computer-aided molecular design, Online First^TM, 13 July 2012, doi:10.1016/j.drudis.2010.08.004

Fuentes:  elpais.com, atltasCBS